Как узнать что именно грузит сервер?

1. Открываем top или htop, ловим высоконагруженный pid апача
2. lsof -p PID — покажет с какими ресурсами работает pid

Также в логах апача можно включить запись времени обработки каждого запроса посмотрите у кого это время длинное, так вычислите не только сайт, но и конкретное место сайта 

LogFormat "%h %l %u %t \"%r\" %>s %bb %D" common

в конце — время обработки запроса в микросекундах